자기가 논문을 낼 준비를 하고 있고 논문에 sequencing data가 있다면, 대부분의 경우 그 데이터를 공개된 데이터 저장소에 등록해서 다른 연구자들이 원할 때 바로 다운로드 받아서 분석할 수 있도록 제공해야 한다. 그리고 그 저장소로 사용되는 대표적인 것이 SRA이다.
SRA에 업로드 하는 방법은 몇 가지 선택지가 있는데, 그 중 가장 많이 사용되는 것은 FTP를 이용한 방법이다.
FTP를 이용한 파일 업로드
FTP는 간편하게 많이 사용되는 데이터 전송 방식으로, 이를 잘 설명한 자료도 풍부할 뿐 아니라 관련 프로그램도 잘 갖춰져 있다.
Aspera를 이용한 파일 업로드
Upload 방법으로 기존에 많이 사용되던 방법은 FTP 전송이지만, 이는 속도가 꽤 느리기 때문에 파일이 많거나 용량이 매우 큰 경우에는 어려움이 많다. Aspera는 FTP보다 훨씬 빠른 전송 방식으로 업로드할 수 있는 기술이며, SRA에서 추천하는 방법 중 하나이다. 다만 사용법에 대해서 문서화가 자세하게 정리되어있지 않아 진입장벽이 높다.
본 protocol은 window 환경에서 Aspera command를 이용해서 업로드 하는 방법을 기준으로 기술되었다. 다른 OS에서는 방법이 다를 수 있으므로, 관련 자료를 찾아서 그에 맞게 적용해야 한다.
이 내용은 공식 문서상으로 나와있는 것이 없으며, 박진만 선생님이 세팅한 내용을 기초로 작성되었다.
IBM Aspera Desktop Client를 다운로드한다. (IBM Aspera Desktop Client - Download now)
Aspera download page (IBM) 2. Aspera Desktop Client 중 window 전용 프로그램으로 최신버전을 선택한다.
Aspera 설치 프로그램, 각 운영체제 (OS)에 따라서 각각 프로그램을 다운로드 받을 수 있다. 3. 이때 IBM 계정이 필요하므로 회원 가입을 먼저 진행한다. 비밀번호는 최소 1개 이상의 대문자와 특수 문자를 포함해야 한다.
IBM 로그인 화면, 계정이 없다면 'IBMid 생성'을 눌러서 생성한다. 4. 회원 가입을 성공적으로 마쳤다면, 프로그램을 다운로드 받을 수 있다.
선택한 설치 프로그램을 다운로드 받을 수 있는 화면. 여기서는 window 설치용으로 선택하였다. 5. 설치 프로그램을 관리자 권한으로 실행해서 설치를 진행하자.
다운로드 받은 설치 프로그램. 이를 관리자 권한으로 실행한다. 설치 프로그램을 실행하면 아래와 같이 나타난다. 일반 설치로 진행한다. 6. 설치하려면 새로운 account를 입력하라고 뜨는데, 이건 위에서 가입했던 IBM 계정과는 별개이다. 자신을 나타내는 이름과 암호를 입력한다.
만약 이전에 설치했던적이 있다면, 그때 사용한 계정을 입력하면 된다. 처음 설치하고 사용하는 것이라면 신규 가입한다는 생각으로 입력한다. 처음 설치하는 중이라면, user를 찾을 수 없으며, 새로 등록한다는 창이 뜬다. ‘예’를 눌러서 넘어가자. 7. Install을 누르면 본격적으로 설치가 진행된다. 설치 과정은 이것으로 끝이다.
Aspera Command-Line upload 하기
위 과정을 문제 없이 따라왔다면, Aspera가 로컬 컴퓨터에 잘 설치되었을 것이다. Aspera Desktop Client GUI 프로그램을 사용할 수도 있지만, SRA에서 제공하는 것은 command-line 기반의 업로드 방식이기 때문에 이를 따라 터미널에서 실행한다. 명령 프롬프트 (cmd)를 실행해서 아래의 명령어를 실행해보자.
IBM Aspera를 프롬프트 창에서 실행한 것. -h 옵션은 도움말을 의미한다. 위 프롬프트는 microsoft store에서 신형 터미널 앱을 다운로드 받은 것이며, 기능은 기존의 cmd과 동일하다. 위와 같은 화면이 나타났다면 Aspera가 정상적으로 설치된 것이다. 만약 제대로 명령어가 실행되지 않았다면 설치가 제대로 되지 않은 것이니, 설치 과정을 다시 잘 진행해보자.
2. SRA submission portal에 나와 있는대로 Aspera Command-Line upload 과정을 진행한다. 해당 페이지에 나와있는 설명을 보면, 아래의 명령어를 실행하라고 적혀있다.
NCBI의 submission portal에서 SRA에 파일을 올리는 방법을 설명하는 화면. 이 중 Aspera Command-Line upload 방법을 살펴보자. 위 명령어에서 사용자가 채워넣어야 할 것은 딱 2가지이다. <path/to/key_file>과 <path/to/folder/containing files>가 그것이다.
3. key file은 submission portal에서 key file 다운로드 link가 걸려있는 것을 클릭해서 다운로드 받을 수 있다. 이를 다운로드 받고 파일을 우클릭해서 '속성'을 열어서 파일 위치와 파일 이름을 이어서 입력해준다.
Submission portal에서 다운로드 받은 aspera.openssh 파일의 속성.파일 위치\파일이름 순으로 연결해서 <path/to/key_file>부분에 넣어준다. 4. 다음은 <path/to/folder/containing files> 이다. 이것은 내가 업로드하려는 파일들이 들어있는 폴더의 경로를 의미한다. 업로드 할 모든 파일이 하나의 폴더 안에 함께 들어있어야 한다.
업로드 할 파일들이 모여있는 폴더. 이 폴더의 경로를 넣어준다. 위 예시 그대로 명령어를 작성하면 아래와 같다.
Aspera 명령어를 이용해서 파일을 SRA 서버에 업로드 하는 모습. 자신의 인터넷 환경에서 가능한 최고 수준의 속도로 업로드가 가능하다. 5. 명령어로 파일 업로드가 잘 진행되었다면, SRA preload folder에 10분 정도 후에 업로드 한 파일들을 볼 수 있다.
FTP or Aspera Command Line file preload를 선택해서 [Select preload folder]를 클릭한다. 업로드한 폴더와 각 파일들이 어떤 것들이 있는지 볼 수 있다. 
