Protein structure

Protein의 구조를 기반으로 분석하기 위한 프로그램과 그 사용법을 정리한 내용입니다.

단백질의 구조를 예측해서 구조를 모델링하고, 이 구조와 붙는 DNA 또는 ligand와의 interaction을 통한 분석을 진행한다.

구조를 시각적으로 보여주는 프로그램 중 가장 유명한 것 중 하나는 PyMol이다. PyMol의 설치, 사용법 등을 아래의 카테고리에 정리해두었다.

또한 최근 딥러닝의 발전으로 다양한 단백질의 구조를 효과적으로 예측할 수 있는 모델이 개발되었다. 대표적으로 AlphaFold / RosseTTAFold가 있다. 이러한 모델들을 사용할 수 있는 방법에 대해서도 정리해두었다.