PNK annealing
Oligo의 5' 말단에 phosphate를 붙여주면서 상보적인 서열을 붙여주는 과정
Polynucleotide Kinase
Polynucleotide Kinase는 DNA 혹은 RNA 5’-말단의 ATP γ위치에 인산기 (phosphate)를 첨가하는 효소이다. 이렇게 5' 말단에 phosphate가 있으면, 다른 DNA / RNA과 이어서 붙을 수 있다. 따라서 ligation을 할 목적의 oligo에는 항상 5'에 PNK를 이용해서 phosphate를 붙여주거나, 합성할 때 modification 된 것으로 구매한다.
Phosporylation을 시켜주는 효소는 흔히 kinase라고 한다. 흔히 ATP에 있는 3개의 phosphate 중 1개를 다른 곳에 옮겨 붙여주면서 작동한다.
Kinase의 종류는 아주 많다. 목적에 따라서 적절한 kinase를 사용할 수 있으며, 이미 연구도 많이 되어 있다.
Lipid kinase
Nucleotide kinase
Carbohydrate kinases
Tyrosine kinases
Serine/Threonine kinases
Dual kinases
Histidine kinases
그 중, PNK로 많이 판매되는 것은 T4 PNK이다. 다양한 효소 판매 회사에서 구매할 수 있다 (e.g. Enzynomics)
Oligo annealing
일반적으로 DNA oligo를 합성주문을 하면 single-strand (ss) DNA 상태로 받을 수 있다. 이를 cloning이나 각종 용도로 사용하기 위해서는, oligo annealing을 해줘야 한다.
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